Korogodin

Примерно так:

NB.BaudRate = BaudRate;
NB.IOFileName = IOFileName;
try
    s = serial(NB.IOFileName);
end
system(sprintf('stty -F %s %d', NB.IOFileName, NB.BaudRate));
NB.IOid = fopen(NB.IOFileName, 'w+');

k = 0;
while(1)
    b = fread(NB.IOid, 1, 'uint8'); % Один байт с порта
    k = k + 1;
    byte_array(k) = b;
end

Но в этом примере byte_array динамически растягивается. Лучше переваривать данные на лету, а не писать их в массив.