Если нужна оперативная синхронизация - то лучше воспользоваться
https://syncthing.net/ или аналогами.
Для резервных копий посоветую rsnapshot
rsnapshot.org . Позволяет хранить несколько копий, одинаковые файлы не будут дублироваться за счет жестких ссылок.