Препод Вам так говорит, потому что есть такое понятие - стек технологий Microsoft. И для многих C# должен стыковаться только с MSSQL, но не с другими базами. В этом действительно есть смысл, когда проект очень большой. Грубо говоря, язык и БД, разработанные в одной компании, довольно тесно интегрированы. Но это не значит, что MSSQL единственный и самый разумный выбор.
Я сам пишу на C# и пользуюсь MySQL вместо MSSQL. Почему:
1. MySQL запускается на любой OS (не требует платной лицензии Windows).
2. Полнофункциональная MySQL бесплатна в отличие от.
3. Легковесна, не требует мощного железа. Как следствие - быстрее на аналогичном железе.
4. Хостинг MySQL на каждом углу.
5. Выбор движков под каждую таблицу и каждый случай.
6. Полнотекстовый поиск (в MyISAM).
7. Есть форки, которые гарантируют нормальное развитие, если Oracle решит что-нибудь нехорошее сделать. Ну что тут говорить, OpenSource же.
При этом современная MySQL поддерживает многие фичи современных БД: View, triggers, functions, stored procedures, events, subqueries.