Не указана версия CMS, по этому пишу для 1.6.1:
1) Если мы говорим про шаблон темы, то может файл положили в папку с другой темой, там по стандарту идет тема default и при установки новой темы создается новая папка с названием темы.
2) На странице производительности не установлена галочка на чистке кеша при изменении чего либо.
3) Чистите кеш где то в другом месте, а не через кнопку на странице производительности.
4) Если Вы правите шаблон модуля, то возможно его перезаписывает шаблон в папке с темой, /themes/default/modules/твоймодуль/