Если это апач то есть такая прелестная директива как
DocumentRoot /var/www/site1
Если это nginx
set $root_path /var/www/site1;
В любом случае копать в ту сторону
P.S. А вообще купи за 150р ispmanager у них же и всё будет в шоколаде, если конечно не самый дешёвый тариф