2 способа для java:
1) System.exit(status) - закрывает приложение нормально, вызывая перед этим shutdown-хуки.
2) Runtime.getRuntime().halt(status) - закрывает программу экстремальным способом не вызывая хуков.
Первый способ предпочтительнее. Если не понятно что такое shutdown-хуки, то гугл в помощь.
