Артем Каюн

new HtmlWebpackPlugin({
      filename: "index.html",
      chunks: ["index", "common"], // у вас нет этих модулей
      template: PATHS.app + "/templates/index.pug"
    }),

Если бы вы задали входные точки объектом

config.entry = {
    index: './index.js',
    common: './common.css'
}

тогда бы у вас в хтмл подключались эти скрипты и стили.
Просто уберите chunks из HtmlWebpackPlugin и у вас все модули будут включаться в index.html.

Пишите переменную в json файл, а в скрипте подключайте.