У меня тоже было подобное, конфигурация nginx + node.js (Forever). Приложение просто переставало отвечать, хотя само в процессах было, дальше nginx ничего не уходило, логи без ошибок. Делал рестарт вручную и все работало, было так несколько раз, а потом хлоп и прошло, что это было черт его знает.
