Сталкивался с подобной проблемой, плохо помню как решал, кажется так:
DS.JSONSerializer.reopen({
serializeHasMany : function(record, json, relationship) {
var key = relationship.key;
var relationshipType = DS.RelationshipChange.determineRelationshipType(
record.constructor, relationship);
if (relationshipType === 'manyToNone'
|| relationshipType === 'manyToMany'
|| relationshipType === 'manyToOne') {
json[key] = Ember.get(record, key).mapBy('id');
//TODO support for polymorphic manyToNone and manyToMany relationships
}
}
});
Советую обновить ember-data до последней версии (на данный момент 1.0.0-beta.11)
В вашем случае лучше использовать
EXPLICIT INVERSESОчень полезная статья, по связям между моделями.