Нашёл решение. Оказывается есть в nginx такой параметр как lingering_time.
Он задаёт максимальное время, в течение которого nginx будет обрабатывать данные, поступающие от клиента. По прошествии этого времени соединение будет закрыто, даже если будут ещё данные. По умолчанию она выставлена в 30 секунд.
В секции location прописал lingering_time 86400;, т.е. сутки, чтобы не думалось. Проблема ушла