Если залезть в исходники paper.js, то там видно, что addChild вызывает insertChild, который сначала удаляет объект из списка своих детей, а потом добавляет этот же объект в этот список, а потом вызывает redraw. Очевидно, что последний объект будет отрисован поверх всех остальных.
