Нативной поддержки инклудов нет, но для этого можно написать конфиг на скриптовом языке, указав нужный интерпретатор.
Вот пара примеров:
на баше:
http://adw0rd.com/2009/07/23/sphinx-include/#.UdF1R229CUk
на php:
http://sphinxsearch.com/forum/view.html?id=1340
Вот вообще динамическое формирование конфига на пхп
http://www.ivinco.com/blog/scripting-in-sphinx-config/