АртемЪ

Что будет делать Windows если файл который я хочу скопировать уже есть в папке назначения?

Спросит у вас что делать.

или windows сначала их сравнит (контрольная сумма?)?

Какое дело операционной системе до контрольных сумм, и прочего? Вы сказали скопировать - она скопирует.
Если скопировать невозможно - например файл с таким именем существует, он не сможет скопировать и спросит у вас что делать.

Бекап при помощи проводника это гуд?

Бэкап вручную это не совсем гуд. Поэтому для бэкапа используются специальные инструменты. Но если вам нужно сделать вручную - какая разница чем вы его будете делать? Проводник ничем не хуже.

И насколько копирование файлов при помощи проводника windows это хорошая идея?

Если вручную надо скопировать файл - это отличная идея.
Если надо автоматизировать - проводник этого не позволяет.

Зараженный файл сам по себе не опасен.
Опасно запускать зараженный файл, а хранить - сколько угодно.
Если вы на сервере не запускаете файлы из шары - никаких проблем.

NTFS это файловая система.
Ее устройство вообще никак не зависит от того где именно вы будете ее хранить - на HDD, на SSD, в памяти, в файле или еще где-то.

потом в него переместили ещё 8Гб с другой машины. (другая часть той же передачи). Отсоединили БЕЗ безопасного извлечения

При таком отключении зачастую часть файлов банально не записана на диск, а находится в оперативной памяти, отведенной под дисковый кэш. Поэтому повреждение файлов это нормальная ситуация.

плюс на второй машине диск вообще стал не виден - windows предлагало его отформатировать, отказались

Для начала проверьте SMART диска. Может у вас диск неисправен.

но вторые 8 Гб файлов пропали. chkdsk на второй машине ничего не нашёл.

Он и не должен их находить!.
Задача этой утилиты - искать ошибки в файловой системе и исправлять их. Результатом корректной работы этой утилиты является корректно работающая ФС. Она удаляет весь мусор - поврежденные файлы и прочий хлам.

Есть ли специальные программы для восстановления именно TS?

А не поздно ли думать о восстановлении данных, если вы уже chkdsk запускали?

Что такое TS файлы мне неведомо, как и значение аббревиатуры PCR.

Запрет.
Сначала пользователь обращается к сетевому ресурсу - проверяются права доступа к ресурсу, а там запрет.
У вас на этом история и заканчивается, и к файловой системе никто не обращается.

Если бы права доступа к сетевому ресурсу были, то дальше попытка прочитать файл или папку и тут уже проверяются права на эти объекты ФС и применяется соответствующее разрешение.

Если речь идет об одном уровне прав, например права на файл - то запрет выше разрешения.
Например запретите группе, но разрешите пользователю из этой группы, он не сможет зайти.

Стоит ли использовать ReFS прямо сейчас?

Зависит от ситуации.
Я лично не вижу каких-то явных преимуществ на данный момент.

Что лучше — ext4 или NTFS с точки зрения сохранности данных?

Обе достаточно надежны, но NTFS пожалуй понадежнее все-таки, но это чисто субъективно.

Влияние ОС минимально, ибо линукс может читать NTFS, а windows с драйвером умеет ext4.

Если используете NTFS - только Windows!!!
Если используете EXT4- только Linux!!!
Если использовать EXT4 c виндой, или ntsf с линуксом через кривые костыли, то о какой сохранности данных можно говорить???

Чтобы выполнить надо прочитать - что программа прочитала, тем она распоряжается, может в том числе и записать на другой носитель.
Это невозможно даже в теории.

Вообще это зависит от файловой системы.
В большинстве известных систем без разницы - хоть с начала, хоть с конца удаляйте, никто файл полностью перезаписывать не будет.
То же самое и с добавлением - можете добавить хоть гигабайт в середину файла.
Сам файл зачем трогать?

В основном принцип такой-
Запись на диск идет блоками фиксированного размера - кластерами.
Это минимальная адресуемая единица файловой системы, размер кластера может быть разным, чаще всего 4килобайта.

Вы поменяли часть файла - на диск в любое свободное место будут записаны кластеры которые изменились. В базе данных файловой системы изменятся координаты расположения файла.

Как запретить изменять владельца папки (NTFS)?

Отобрать права администратора.
Собственно администратора от пользователя отличает только одно - возможность изменять права.

Зачастую телевизоры не понимают NTFS, хотя дело может быть не только в этом, например форматирование с нестандартным размером кластера может не понравится, либо банально не хватает питания диску.
Используйте exFAT c ним как правило нет проблем.

Как пометить bad блоки NTFS

Никак.
NTFS это файловая система, у нее нет никаких bad блоков.
bad блоком называют нечитаемый сектор на диске, их помечает и исключает из оборота сам диск, если может.

Из теневой копии вытащите.