АртемЪ

Как в этом аду не сойти с ума и распределить деньги максимально справедливо, чтобы все остались довольны?

Никак. Деньги вообще невозможно распределить справедливо, да еще и чтобы все остались довольны. Это невозможно в принципе, в любой ситуации.

По поводу оформления - нужно знать что за организация, форма собственности.
А вообще все просто-
X- общий капитал организации.

инвестор даёт 100 тыс. рублей

его доля в процентах X/100тыс.

Далее двое человек работают вместе 3 месяца (за долю)

Доля каждого из них в процентах равна X/(зарплата*3).

присоединяется еще один (за долю), и они уже втроем работают еще 3 месяца

То же самое - X/(зарплата*время работы)

Потом первый теряет веру в проект и уходит

Его право. Доля остается за ним, если в договоре не указано иное.

У всех людей разная стоимость на рынке труда. То есть их время не равноценно.

Разная, но известная, так что не проблема.

После ухода первого человека (программиста) команда решила отказаться от половины его работы, потому что проще переписать часть кода с нуля, чтобы закончить всю его работу.

Это ни на что не влияет. Работу то уже оплатили.

Самый первый месяц работы вообще холостой, потому что выбрали не ту архитектуру, пришлось отправить всю проделанную работу в корзину. Но был получен ценный опыт. В каком-то смысле это тоже вклад, хотя опыт личный.

Люди работали, получили оплату.

Проект приносит доход каждый месяц (разный). Из оставшихся людей один совсем обленился и хочет просто получать деньги. Другой продолжает работать, развивать проект, занимается продвижением. И через 3 месяца присоединяется еще один человек, тоже в долю, но работает в пол силы, по вечерам (после штатной работы в другом месте).

Ну человек и идет в долю, чтобы потом не работать а получать.
Поэтому обленившийся получает свою долю и все.
Другой получает свою долю и зарплату.

Однако 1С специалист клиента сказал, что хранить тонны информации в этой системе очень накладно, желательно держать ее чистой, а все картинки/текста/хар-ки положть куда-то еще

1c уже лет десять позволяет хранить данные не в базе, а вот в этом самом "где-то еще"
В базе хранят ссылки, а файлы фотографий и описаний в файловой системе.

Я склоняюсь к склонению 1С чтобы таки отдавать все из нее, а не делать хранилища для, относительного, малого каталога. Но возможно оттуда действительно так трудно все отдать, как говорят мне 1сники?

Логично.
Никаких трудностей нет, если грамотно организовать.
Хотя смотря что вы имеете под отдачей?

Дедлайн это проблемы работодателя.
Как он их будет решать его проблемы.
У работника четко оговорен рабочий день.
Все что выходит за рамки оговоренного рабочего дня -
1)Оплачивается дополнительно.
2)Выполняется исключительно по согласию работника.

Т.е после окончания рабочего дня вы остаетесь в офисе только по своему желанию, и только имея четкую уверенность в том что вам за это заплатят дополнительно.

Раньше, когда клиентов было мало, я хранил данные о клиентах в текстовом файле с именем клиента,
Т.е логины, пароли, краткая информация о клиенте, контактные лица, выполненные работы.
Все это хранилось в папке на криптодиске.
Потом сделал себе кривенькую самодельную CRM на SQLite, с шифрованием реализованным стандартными инструментами, где храню все данные о клиенте, выполненные работы, характеристики клиента, есть встроенная напоминалка о запланированных задачах при запуске.
Храню все это дело на домашнем сервере, вместе с другой рабочей информацией.

В общем возьмите какую-нибудь вызывающую доверие и удобную вам CRM и пользуйтесь, или делайте сами.

Если накроется сервис (всё может быть), я останусь только с зашифрованной базой и всё.

Храните локально.

В экселе - сдохнет мой ssd и всё...

Бэкапы разве отменили?

Заказчики как дети малые - постоянно удаляют письма в почте, ленятся пролистать диалог в ВК, забывают и так далее...

Ну почему же как дети. Нормальное поведение, оно им надо листать ваши диалоги в ВК? Они деньги платят, за то чтобы вы листали и помнили.