Скорее всего проблема в том, что passenger из апача использует другой гемсет, нежели тот, где стоит redmine.
Собственно все необходимое для решения проблемы есть по ссылке в предыдущем ответе.
Если более конкретно, у вас в конфиге Апача есть строчки, похожие на
PassengerRoot /home/user/.rvm/gems/ruby-2.0.0-p247@<gemset>/gems/passenger-4.0.14;
PassengerRuby /home/user/.rvm/wrappers/ruby-2.0.0-p247@<gemset>/ruby;
Убедитесь, что они указывают на правильную версию руби и гемсет.
