Жук

<div class="main1">
    <div class="sub"></div>
    <div class="sub"></div>
    <div class="sub"></div>
  </div>

  <div class="main2">
    <div class="sub"> </div>
    <div class="sub"> </div>
    <div class="sub"> </div>
  </div>

Вы пишите "У меня главные классы (main) отличаются, а подклассы одинаковые"
Соответственно зачем sub нумеровать если там одинаковый стиль будет?

.main1 {
  .sub { color: red }
}

.main2 {
  .sub { color: blue }
}