В общем все оказалось очень просто. Не знаю, почему так долго не мог этого найти. В итоге наткнулся на это перебирая все возможные опции конфигурации. Для "левого" кода надо было в корне проекта создать директорию "App_Code", и в конфиге в секции compilation указать поддиректории в codeSubDirectories.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/54dwfbb7(... 
