Олег, спасибо за наводку, да - есть кнопка Add method to skip list, которая явно показывает, что PHPStorm считает полностью квалифицированным именем такой вариант:
Composer\Autoload\ClassLoader->loadClass
в отличие от того, что указано
в документации:
... fully qualified name of the required method in the format \namespace\class->method
И первый вариант действительно срабатывает ... отчасти. Но вызовы из пропускаемого метода по-прежнему запускаются в режиме Step Into, поэтому решение для игнорирования автозагрузчика Composer в общем случае такое:
Composer\Autoload\ClassLoader->loadClass
Composer\Autoload\ClassLoader->findFile
Composer\Autoload\ClassLoader->findFileWithExtension
Composer\Autoload\includeFile