Как автора Автопрефиксера могу прямо сказать — его нельзя использовать в текстовых редакторах. Он должен работать в Gulp, webpack или другой системе сборки.
Есть много причин для этого. Например, что код с префиксами трудно читать. Или то, что потом при правке вы забудете исправить все свойства. Или то, что ваши стили не будут чиститься от ненужных префиксов автоматически.
В общем, изучите Gulp — так вы потратите несколько вечеров, зато потом быстро наверстаете за счёт большей автоматизации.