Гораздо лучше запустить этот процесс вообще на отдельном сервере. Например, арендовать сервер на 1 час (с почасовой оплатой) и уже на нем пройтись по базе пользователей. При этом основный скрипт работать будет.
Ну или на этом же сервере, но в отдельном скрипте, правда это будет занимать ресурс от используемого сервера.