1. Сохраняйте как есть. Если будут проблемы со скоростью отдачи контента - сохраняйте отреднеренный html в отдельном поле для просмотра и отдельно md для редактирования
2. Вот хороший
https://pandao.github.io/editor.md/en.html а вообще куча их - выбирайте по потребностям
3. Большинство уже умеет из коробки подсвечивать блоки вида
```javascript
```
