В этой сборке используется browserify и все компилируется в один файл, потому что есть только 1 точка входа.
Если я правильно понял, то дополнительный бандл можно указать в массиве тут
https://github.com/alexfedoseev/js-app-starter/blo...
Т.е. в один бандл у вас будут импорты библиотек, а другой бандл будет содержать ваши собственные модули
