не знаю точно, почему тормоза в монго, но в мускуле ваша задача решается через бд с движком archive. На такой системе он спокойно переварит вашу нагрузку и даже под десяток виртуалок памяти останется. Вы сильно промахнулись с платформой, пошли за модой, теперь расплачивайтесь :)
