Тут какая-то каша...
Считаете все записи одного пользователя.
$query = "SELECT COUNT(*) as num FROM $table WHERE user_id =' ".$_SESSION['id']."'";
Экранируете get запросы через mysql_escape_string
$page = mysql_escape_string($_GET['page']);
И в конце пытаетесь получить пагинацию всех страниц на основе записей 1-го пользователя
$query1 = "SELECT * FROM $table ORDER BY idmes DESC LIMIT $start, $limit ";
Если вам нужна пагинация по записям конкретного пользователя, в таком случае это необходимо явно указать в запросе.