1й вариант - проходя по массиву в ручную копаться вглубь в достать position;
2й вариант - пройтись по массиву и создать новый массив с новой структурой.
3й вариант - изначально создать ту структуру, которая вам нужна
Также как и для обычных комментариев О_О
Или если вы не хотите разлучать parent от child , то подсчет делайте только тех комментов, у которых parent = 0