Разобрался!
Проблема не в этом была!
Я подключался в FileZilla к админки, т.е. вбивал логин и пароль от админки, поэтому и появлялись папки с дефолтного сайта.
Решение: Создаём дополнительный аккаунт в Vesta во вкладке USER - входим в него - создаём и настраиваем домен во вкладке WEB - после этого на почту приходит письмо с логином и паролем для данного аккаунта - эти адрес вашего домена(без www)=хост, логин=имя пользователя, пароль=пароль - вводим в FileZilla - открываются каталоги вашего сайта.