3. Можно меньше, но не нужно. Много файлов потому, что народ привык привязывать конкретный кусок реализации к файлу.
5.1 Сначала делаешь верстку на html, а потом в зависимости от ситуаций и состояний — отдаешь кусочки html клиенту.
5.2 ДА! Иначе будет крайне сложно вносить изменения в дизайн, структуру бд… Когда будет высокая нагрузка — будет кэш, много серверов, может и собственная БД, а MVC должен отсатся (конечно же для распределенных систем он видоизменится)
6. php можно заменить на python, java, asp.net, perl, ruby. MVC можно заменить на MVP, MVVM.
Если ненадолго — php MVC. Если на долго — рекомендую python и почитать что-то про ООП посерйозней.
