У Альтеры (теперь Интела) есть такая штука, как JAM-player, может и у Xilinx-а есть подобное. Суть: создаётся конфигурационный файл, который представляет собой что-то вроде байткода, в результате которого конфигурируется ПЛ.
Вот, погуглил вместо вас:
https://www.xilinx.com/support/documentation/appli...
https://www.xilinx.com/support/documentation/appli...
Начните отсюда. Раз есть реализация для встаивания в МК, то и софт есть. Вам только портировать его надо под ваш адаптер.