Hint

Дописывайте строку в конец бинарника, а потом читайте её при запуске. Менять CRC или разбираться в структуре PE файла не требуется.

Грубый пример PHP-скрипта:

header('Content-Type: application/octet-stream');
readfile('file.exe');
echo chr(0) . $_GET['name'];

Не забудьте добавить другие важные заголовки (Content-Length и пр.).

В программе же надо открыть свой файл на чтение, перейти в конец, найти первый ноль и прочитать строку.

По-моему вы код неправильно понимаете (проблема где-то в другом месте). Удалена строка или нет, цикл все равно будет завершен. Из результата (result) записи не удаляются в процессе выполнения тела цикла (даже в случае добавления SQL с DELETE в транзакцию). А вот при следующем вызове метода SendExternalMails строки опять будут выбраны и опять попадут в result, если они не были удалены ранее.