Увы, простого решения нет. Нужно вмешиваться в код модуля, отвечающего за передачу данных в платежную систему. Проблема существует уже давно. Она имеется и в случае с PayPal, и в случае с Authorize.net, которые встроены в магенту. Тут только два пути решения
1. устанавливать соотв. базовую валюту у website
2. править код модуля
Первый путь вам не подходит, значит ваш выбор - правка модуля.
