Вопрос снят! Как я и думала - дело в кэше. Вот только не знала, где его искать. И кэш из папки core удаляла, и что только не делала. Но подумать не могла, что даже в Источниках файлов надо вызов делать некэшированным)
Спасибо автору вопроса здесь
https://modx.ru/vopros-otvet/info/2663/
Ну или здесь тоже:
https://forums.modx.com/thread/99755/migx-multiupl...
P.S. До этого эти ссылки мне не попадались в яндекс при поиске( Так бы сэкономила пару дней поисков ответа.
Если кому интересно, то ответ прост: в путях в источнике файлов прописываем некэшированный вызов migxResourceMediaPath:
[[!migxResourceMediaPath? &pathTpl=`img/portfolio/projects/{id}/` &createFolder=`1`]] :-)
