Получи
все внутренние связи
global $wpdb;
$connections = $wpdb->get_col("SELECT meta_value FROM $wpdb->postmeta WHERE meta_key='connections'");
Должно вернуть массив с айдишниками постов выбранных в селекте. Если там какая-то другая структура - преобразуй его в массив если необходимо. В итоге должно получиться что-то вроде
$formatted_conns = array(10,23,50,47);
Ну а потом просто исключить этот массив из выборки
$query = new WP_Query(array(
...
'post__not_in' => $formatted_conns,
...
));