Возможно вам нужно обновить фреймворк. Метод ArrayHelper::index() недавно был обновлен и у него появился третий параметр, указывающий порядок группировки. Ранее метод принимал только два параметра.
Вот тут этот момент виден подробнее:
https://github.com/yiisoft/yii2/commit/ef8b0a2be0f...
И правильно будет написать вот так, как и в документации:
ArrayHelper::index($model, 'level3', [function ($element) {
return $element['level1'];
}, 'level2']);
(Анонимная функция и 'level2' - массив)