В общем выгрузка у меня шла на малый бизнес. А в малом бизнесе ограничения не только на цену, но и на склады.
Для редакции Битрикс "Малый бизнес" на сайте необходимо передавать только общие остатки товара.
И в 1с в модуле обмена нужно отключить выгрузку на сайт остатков по складам. В стандартном модуле я такого не нашел. Поставил модуль от битрикса, снял эту галку и цены загрузились.