Спасибо, вопрос решил запретил загрузку лишних типов файлов, и вроде все
Сначало думал дырка где то фтп или самом сервере, оказалось все очень просто хакнули одного из пользователей на сайте, и залили через него файл пхп потом уже и все остальное позаливали