MS Access. Свободно импортируете туда ваш csv-файл, каждое поле которого заносится в соответствующее поле таблицы базы данных.
Далее уже - дело техники, так как MS Access и предназначен как раз для работы с табличными данными, и данные большого объема он умеет обрабатывать.
Если же хотите более "навороченный" вариант, то установите MS SQL Server Express Edition (он бесплатен), импортируйте csv в таблицу его базы, а потом работайте через MS SQL Management Studio (тоже бесплатный продукт).
