Можно использовать чистый PHP, а можно использовать библиотеки, фреймворки и CMS. Можно хранить маршруты статично в файле, а можно динамично в БД. Можно HTML-контент выводить строками в коде, а можно писать код между HTML-контентом. Можно придерживаться подхода MVC, а можно не придерживаться. Можно подключать JS-скрипты статично в HTML-контенте, а можно динамично в других JS-скриптах. За реальный проект можно считать сайт крупнейшего в стране интернет-магазина, а можно считать и интернет-магазин Танечки, сделанный на коленке.
Столько неопределённости и столько желания, чтобы кто-то дал ответы на все вопросы. Увы, оно так не работает. В 21 веке можно воспользоваться поисковиком, а чтобы быть как все, в тренде, можно воспользоваться ChatGPT.