Для начала можно поиграться с
тестовым проектом, вот даже руководство есть:
ru.bem.info/articles/start-with-project-stub/.Можно ли как-то сделать чтоб и при запуске сервера и при сборке, пути были правильные ?
У меня такой проблемы никогда не было, видимо, вы что-то делаете неправильно, нужно больше информации.
Еще интересует можно ли собрать проект так чтобы на выходе получилась папочка только с нужными файлами?
Еще непонятно как сделать автосборку при изменении файлов проекта
Из коробки решения нет. Можно пользоваться сборщиками вроде Grunt или Gulp. Для grunt даже есть плагин, а в gulp нужно пользоваться плагином для работы с командной строкой.
