Так и должно быть, т.к. бутстрап происходит до роутинга, в этот момент модули могут добавлять свои маршруты и от этого будет зависеть в какой модуль в итоге попадет запрос.
Также обработчику запроса могут понадобиться ресурсы/что-то еще что предоставляемые конкретным модулем
[en]
https://mwop.net/blog/234-Module-Bootstraps-in-Zen...
PS: ничего не мешает сделать свой бутстрап (или перечитать код имеющегося), который будет инициализировать только модули указанные в конфиге (например для разных инсталляций системы с разным набором модулей)
