Goodver

Проблема решена… правда я так и не понял в чем она была. Вообщем я ничего не делал, единственно что перезагрузил апач, проверил еще раз все работает ошибки 500 больше нет, хотя до этого рестарт тоже делал.
2DevMan, просто при заходе все работало, но когда отправлял по XMLHttpRequest файл (в запросе передавался файл) другому скрипту на сервере была ошибка 500

Проблема в том что в коммандах нужно прописывать полные пути для бинариев, в данном случае должно выглядеть так.

/usr/local/sphinx/bin/indexer --config /usr/local/sphinx/etc/sphinx.conf --all
/usr/local/sphinx/bin/searchd --config /usr/local/sphinx/etc/sphinx.conf