В подобной ситуации я использовал ЭДО СБИС.
Документы -> Разобрать -> Загрузить -> C компьютера -> Открыть необходимую папку, выделить комплект из PDF и sig -> нажать Загрузить -> В контекстном меню превьюшки выбрать Скачать ... со штампом подписи.
Вауля... Радуемся жизни.