Оказалось, что ошибка в какой-то формуле (точнее, в типе некоторых формул из интерактивных таблиц).
Вот эта строка исключает обработку формул:
$writer->setPreCalculateFormulas(false);
и файл сохраняется.
В сумме сохранение изменений в тот же файл выглядит так:
$writer = IOFactory::createWriter($deck_table, "Xlsx");
$writer->setPreCalculateFormulas(false);
$writer->save($file1);
Но затрагивает всё. Все стили, все формулы, всё что есть.
Есть ли способ изменить данные только в конкретных ячейках, не трогая ничего больше? 
