Может кому пригодится. Чтобы подключались таблицы через связи, в обоих таблицах данные в полях должны быть одного типа. (int или ObjectId). Поэтому при записи данных в таблицу надо руками задавать тип данных, например$model->role_id = new \MongoId("$model->role_id");
, '_id' - тоже должен быть ObjectId или $model->role_id = (int) $model->role_id;
, '_id' - должен быть int.