Gip

если оперативная память позволяет - делайте по максимуму, хоть все.
у меня есть в одном проекте похожая задача, делаю batchInsert по 1000 объектов, чтобы не слишком загружать оперативку сервера.

гружу из большого обменно файла, как-то так:

while (($line = fgets($handle)) !== false) {
				$objects[] = json_decode($line);
				//Для ускорения грузим пачками, по сколько влезает в оперативку(кол-во объектов настраивается в конфиге)
				if ($count === Yii::$app->objects->insertBatchCount) {
					Yii::$app->mongodb->createCommand()->batchInsert('objects', $objects);
					$count = 0;
					$objects = [];
				}
				$count++;
			}