Если:
email - текущий адрес;
new_email - новый но не подтвержденный.
1. Можно проверять уникальность на этапе записи в new_email. Но тогда нужно сделать свой валидатор который значение будет брать из new_email, а проверять по первичному полю email.
2. Можно на этапе подтверждения, записав в email значение из new_email, а первое сделать уникальным. Как сказал
@v_prom, дополнительно прописав
UniqueEntity по полю email.