Всё зависит от проекта и области применения.
В общем случае, варианты архитектуры могут выглядить вот так:
[ASP.NET MVC] <-> [ASP.NET WebAPI] <-> [WCF SERVER] <-> [DATABASE]
Данная связка рекомендуется для серьезных, высоконагруженных и кроссплатформенных проектов с серьезными требованиями безопасности. WebAPI (фактически, это будет прокси для WCF SERVER'a) и MVC могут крутиться на одном и том же IIS сервере. WCF SERVER же лучше держать отдельным сервисом либо на той же машине, либо отдельно.
[ASP.NET MVC] <-> [WCF SERVER] <-> [DATABASE]
WebAPI слой можно убрать, если сервис больше рассчитан на внутреннее использование, где кроссплатформенность не нужна и у WCF SERVER'а ожидается много разных клиентов.
[ASP.NET MVC] <-> [ASP.NET WebAPI] <-> [DATABASE]
Такая архитектура годится для 99% интернет стартапов. Самая простая и быстрая в разработке, при этом не сильно уступающая более сложным вариантам, описанным выше. А с выходом MVC 6 исчезнет необходимость крутить такой сервер на IIS'e и позволит запускать его на Linux.
Скорее всего вам больше подходит последний вариант.
