Вадим Яковлев

посмотрите в /etc/init.d/nginx куда он кладет nginx.pid, есть ли у него права на эту локацию, и появляется ли там файлик после запуска.
Потому что при остановке процесс он берет из этого файла, если файла нет - он рапортует, что все остановлено.

iptable вам в помощь

а nginx нужен не для этого