У нас 3 сайта с одной 1С проблем нет вобще. Обмен конечно не нужно чтобы пересикался, поэтому только ночью в разное время.
Да только у нас многосайтовость, на инфоблоки на товар разные. Заказы с одного места идут.
Но и на заказы 3 обмена включить можно, отбором ограничить. Вобщем технически я преград не вижу.