Никогда не сталкивался с подобными проблемами в Xen, но вот в ESXi настройки dom0 хранятся "своеборазным" образом. Директория /etc упаковывается в тарбол и при загрузке этот тарбол разворачивается поверх /. Соответственно, чего там ни делай с LiveCD - пароль рута все равно будет другой.
Мб в Вашем случае нечто подобное имеется?
