Могу предположить что драйвер в Windows мониторит состояние гнезда (вставлен штекер или нет). По идее гнездо устоено так, что при вставке штекера размыкается дополнительный контакт который приводит к деактивации передней панели и передаче звука на гнезда аудиокарты. Возможно в драйвере под Ubuntu это не учтено и звук, не зависимо от того вставлен штекер или нет, направляется на него. Встеаки стоит получше осмотреть разъем, прозвонить мультиметром.
